Чтобы ответить на ваш вопрос корректно надо четко понимать суть отношений.
У вас (ИП1) есть официальный договор с ИП2? Он вам оказывает диспетчерские услуги, верно? Данные услуги не подпадают под патент, поэтому по доходу от диспетчерских услуг он платит или по УСН (если подавал уведомление о переходе на УСН) или по ОСНО (если не подавал уведомление о переходе на УСН).
Допустим, он на упрощенке. Она действует везде, вне зависимости от региона. Налговая ставка УСН (доходы) в общем случае - 6%, верно. Собственные перевозки он осуществляет на патенте. Грузоперевозки и диспетчерские услуги - два разных вида деятельности.
То есть вся эта история - со слов ИП2. Он лицо заинтересованное, конечно, ему выгодно, чтобы вы получали заказы через него и платили ему процент, чем работали напрямую с транспортной компанией.
Неофициально он требовать может, конечно, что угодно. И получит это, если вы согласитесь. Какие расчеты у вас официально? Как происходят взаиморасчет? Как он получает от вас свой процент? 6% - это налог того дохода, который он получает от вас. И он должен платить его сам с суммы полученной от вас (если у него УСН доходы). Он же требует его от вас налом, неофициально?