По идее, такая проводка должна быть. Единственное - на мой взгляд, эту проводку надо было делать в отчетном периоде. Это аналогия Налога на Прибыль: платятся авансовые платежи и начисляются ежемесячно, а по итогам квартала - налог к возмещению (не сработали с такой прибылью). Излишне начисленный налог сторнируется, причём по итогам того квартала, за который сдана декларация. Иначе с лицевыми счётами данные в 1С не сойдутся