А, теперь понятно в чем вопрос). Нет, у вас же в базовой сумме НДС не заложен, соответственно, все расчеты, основанные на этой величине, НДС не включают.
Но из этого вовсе не следует, что вы прям обязаны налог сверху накрутить. Порядок расчета платы не регламентирован, собственник волен определять размер компенсации любым способом и пояснять свои расчеты не обязан, хотя у бюджетников, конечно, свои заморочки. Если у вас в договоре прямо прописано, что плата определяется именно этим методом и никак иначе, то да, НДС сверху. Если порядок договором не закреплен, и собственник согласен на 50 т.р., НДС в том числе, то "зачем платить больше".