Добрый день.
Что-то я не пойму, если вы определяете плату за сервитут, то причем здесь налогообложение операций по продаже земли? Вы приобретаете право ограниченного пользования чужим участком, в списке необлагаемых НДС операций реализации таких прав нет, соответственно, плата за сервитут облагается НДС. Метод определения размера платы на налогообложение, насколько я помню, не влияет.