https://nalog-nalog.ru/forum/dlya-ip/zakryvayushie-dokumenty-bez-nds/ - только что в теме писала, почему ип, которые оказывают услуги и не имеют работников могут вообще не выдавать БСО. Поэтому по факту вы ничего не нарушали.
В кудир доход нужно учитывать в день, когда вы его получили наличными или на счет. Насколько я знаю, можно указывать общую сумму выручки за день и не показывать каждый платеж отдельно.
Кудир вполне можно заполнить задним числом, тем более для собеса. Главное чтобы сумма налога уплаченного сходилась. Потому что они по вашему ИП данные в налоговой будут запрашивать для проверки.