А вам с вашим ИПшником совсем не отдыхается).
Рискну предположить, что слово "непрерывно" относится к только патенту, а не к 2-хлетнему периоду в целом. Т.е. право на налоговые каникулы возникает у ИП с момента регистрации и длится 2 календарных года, в течение которых он может оформить 2 бесплатных патента подряд, при этом срок действия патента не должен выходить за 2-хлетний период. Но никто не обязывает ИП приобретать патент сразу при регистрации. Косвенно эту мысль подтвердил Минфин в письме от 23.03.15 №03-11-10/15651. В нем, правда, речь о переходе с ОСНО на УСН, но, полагаю, что это применимо и к ПСН.
То, что ИП решил воспользоваться своим правом только в одном периоде - не основание для отказа от льготы, поскольку, как вы справедливо заметили, 1<2, условия НК соблюдаются.