Почему вас так интересуют налоговые проблемы платежного агента?)
Платежный агент указывает в чеке ставку 20%, потому что так требует ФНС, запретившая указывать ставку 18%. На расчет НДС, причитающего к уплате в бюджет, это никак в данном случае не влияет. НДС исчисляется по правилам, установленным НК РФ. НДС рассчитывается и уплачивается в бюджет тогда, когда оказана услуга, а не тогда, когда она оплачена, ставка, указанная в платежных документах, не расчет налога не влияет.
Т.е., поставщик в 2017 году заплатил в бюджет с вашей задолженности 18 руб. На этом расчеты с бюджетом по услугам 2017 года закончились. При получении от вас оплаты в 2019 году налог не пересчитывается, декларация за 2017 год не корректируется, даже если в чеке указана ставка 20%.
Что касается НДС платежного агента, то он вообще не платит НДС с сумм, полученных от потребителей, за услуги поставщика. НДС платежного агента исчисляется с агентского вознаграждения, которое он получает от поставщика услуг.
Допустим, у вас есть задолженность за э/эн за 2017 год 118 руб., в т.ч. НДС 18 руб. Платежный агент за прием платежей получает вознаграждение 10% от принятой суммы. Задолженность за 2017 год вы погасили в 2019.
Тогда, поставщик э/эн заплатил в бюджет за 2017 год НДС в сумме 18 руб. В 2019, получив от вас 118 руб. через платежного агента, он просто закрыл вашу задолженность, в расчете НДС за 2019 год эта сумма не участвует, неважно какую ставку НДС платежный агент указал в чеке.
Получив от вас деньги в 2019 году, платежный агент выставил поставщику э/эн агентское вознаграждение в сумме 118*10%=11,80 руб., в т.ч. НДС 20% - 1,97 руб. Эти 1,97 руб. он должен заплатить в бюджет за 2019 год.