Добрый день.
Есть судебные решения о том, что несвоевременная подача уведомления о переходе на УСН не вляется причиной отказа в применении спецрежима. Но, мне кажется, что в вашем случае этими судебными актами не воспользоваться.
В них речь идет о том, что налогоплательщик применял спецрежим, сдавал соответствующую отчетность и платил налог по УСН, налоговая все это принимала и вопросов не задавала, а потом вдруг обнаружила отсутствие уведомления о переходе на УСН и заявила о неправомерности применения спецрежима. Суды при этом указывали на то, что у налоговой было достаточно информации о применении налогоплательщиком спецрежима, и своим молчанием она признавала его право на применение УСН, поэтому не может ссылаться на отсутсвие или подачу уведомления позже срока. В вашем случае налоговая своевременно обнаружила отсутствие отчетности по ОСН и предприняла предусмотренные НК меры.
Если ваша деятельность подпадает под ЕНВД или ПСН, вы можете до конца года поработать на этих режимах, а с нового года перейти на УСН. Также можно воспользоваться ст.145 НК. Возможности избежать уплаты НДС за 2 квартал я не вижу.