Спасибо за ответ.В налоговой меня они сами направили на консультацию к начальнику.К специалистам...

То есть, как я поняла, консультант-бухгалтер (который не из налоговой) помогал вам составить и отправить декларацию по НДС. И там же вам сказали, что вы должны уплатить НДФЛ с тех сумм, которые указаны в счетах-фактурах, и соответственно сдать 3-НДФЛ за 2019 год. Верно?

Мое мнение иное. Как поступить - решать только вам.

Еще раз обосную свое мнение. Если у вас есть еще связь с теми консультантами, у которых вы консультировались, можете проверить у них мное мнение. Или уточнить у третьих лиц.

На мой взгляд, самый большой ваш косяк - это даже не сама счет-фактура, а указание отдельно автозапчастей в ней. Если бы была просто счет-фактура на ремонт авто, то проблем вообще бы не было: вы уплатили НДС, отчитались по нему, уплатили НПД. Всё, свои обязанности перед бюджетом вы выполнили. В этом случае ни о какои НДФЛ речь бы не шла. Но именно эту счет-фактуру налоговики смогут найти только при запросе документов у вас или ваших контаргентов. Например, будут проверять НДС у контрагентов. Ну то есть имеется шанс, что они ее не увидят и не поймут, что вы занимаетесь торговлей.

Заплатить сейчас НДФЛ и сдать 3-НДФЛ - это прямым текстом сказать налоговикам, что вы по своей предпринимательской деятельности применяете НДФЛ (уплатите же и отчитаетесь) и НПД (налоговики прекрасно видят, что вы имеете этот статус), а это прямо запрещено законом.

Я считаю, что вам платить НДФЛ и сдавать 3-НДФЛ - не надо. Но риски доначислений у вас есть в любом случае, так как вы, конечно, совершили ошибку в своем учете.

Было бы интересно послушать еще коллег по этому вопросу.