У вас будет одна общая декларация по НДС, в которой будут отражены все операции за отчетный период, и внутри РФ, и на экспорт. Просто вычеты, относящиеся к экспорту, вы покажете в разделе 4, а вычеты по продажам внутри РФ - в разделе 3. Если общая сумма вычетов по этим разделам превысит сумму НДС, начисленную по разделу 3, сумма превышения пойдет к возмещению. Если начисленный НДС будет больше общей суммы к вычету, разница составит налог к уплате.
Например, у вас реализация в РФ 2,4 млн.руб., в т.ч. НДС 400 тыс.руб. НДС к вычету по этим операциям - 300 тыс.руб. Реализация на экспорт - 2 млн.руб., НДС к вычету по экспорту - 250 тыс.руб.
В разделе 3 у вас будет:
стр.010 налоговая база 2 000 000, НДС 400 000;
стр.118 - 400 000;
стр.120 - 300 000;
стр.190 - 300 000;
стр.200 - 100 000 (400 000 - 300 000).
В разделе 4:
стр.020 - 2 000 000;
стр.030 - 250 000;
стр.120 - 250 000;
В разделе 1:
стр.050 - 150 000 (250 000 - 100 000).
Т.е., к возмещению - 150 тыс.руб.