Добрый день.
А как вы в таком случае будете доказывать, что ГСМ использовались "для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения" НДС? Это одно из условий принятия входного НДС к вычету.
В бухучете тоже нельзя проводки просто так лепить, операции отражаются в учете на основании документов. А у вас документов на расход топлива не будет. Вы только на основании проведенной инвентаризации недостачу списать сможете.