Здравствуйте. А что с начисленными отпускными? Или сотрудник ушёл в недоплачиваемый отпуск?
Просто я пока не совсем Вашу картину представляю. Могу сказать лишь одно: вычет НДФЛ не прерывается, а действует каждый месяц, и если у сотрудника с начала года один и более месяцев не было дохода, в месяце возникновения дохода вычеты предоставляются за все месяцы накопительно.