Несмотря на то, что перечислять налог нужно раз в три месяца, вы всегда считаете его с начала календарного года до конца квартала. Во втором квартале — за период с 1 января по 30 июня, в третьем квартале -за период с 1 января по 30 сентября. Поэтому можете учесть страховые взносы, которые заплатили в то же время. То есть за третий квартал усн будете рассчитывать так: доход за 9 месяцев 2020 года - все суммы страховых взносов (включая 1 процент с превышения 300 000) уплаченные за 9 месяцев 2020 года- уплаченные авансы по усн (Если вы их будете платить). у вас по вашему примеру сумма авансов будет 0.
Окончательный расчёт налога УСН происходит, когда год закончился. Поэтому вы можете уменьшить его на взносы, которые заплатили в любой момент в течение года.