Платеж вообще прошел? Деньги со счета списаны? Тут два варианта. Или вы указали несуществующие реквизиты и платеж не произведен, или существующие, тогда деньги списались, но ушли не туда, куда надо.
Из вашего "у нас арестовали счета на эту сумму", смею предположить, что вариант второй имел место быть. Иначе деньги просто сисались бы по инкассовому поручению, попали куда надо и проблем бы не было ни одной минуты.
После вашего письменного обращения в банк платеж должен быть откорректирован и попасть туда, куда нужно. Можете в налоговую обратиться с письмом. Там нужно так написать: " Прошу средства с КБК ..... зачесть на КБК ......., так как платеж от .... числа по платежному поручению № .... произведен по ошибочным реквизитам".
Желаю успехов. У нас в свое время такое случалось, но все решаемо. Чем быстрее вы прогуляетесь до банка и налоговой (а идти придется и туда, и туда, чтобы ускорить процесс), тем раньше и безболезненнее разрешится ситуация.