Я понимаю в чем ваша проблема. Ответьте, пожалуйста, на мои вопросы: данные в первичном расчете идентичны данным в уточненном? И на каком этапе приходит отказ в приеме последующих расчетов?
С признаком корректировки 0 раздел 3 не должен был обнулиться. Поэтому если в разделе ничего не менялось, включая порядковые номера физлиц, но налоговая отказывает в приеме, порядок действий лучше уточнить в своей налоговой, только они знают, что у них реально встало в базу.
Возможно придется подать новую уточненку, в которой раздел 3 будет заполнен с признаком корректировки. Возможно раздел 3 придется заполнить на каждого сотрудника дважды: один раз с обнуленными показателями в подразделе 3.2, второй раз с правильными данными.
Если ошибку выдает проверка программой оператора ЭДО, отправляйте с ошибкой, скорее всего это косяк программы. Хотя и в этом случае лучше, все-таки, уточнить в инспекции, как у них встала ваша первая корректировка.