Очень странно, что поставщик уведомляет Вас только сейчас, если право на применение УСН он потерял ещё по итогам 9 месяцев прошлого года.
По идее, НДС начисляют в том периоде, когда находятся на режиме, обязывающем его начислять. Я не совсем разобралась в формулировке Вашего вопроса: если в декабре 2019 акт выписан на всю сумму, то почему НДС начисляется на часть? Логичнее было разбить акты на части: до утери права на УСН и после, иначе поставщик сам себя подставляет.