Да,с восстановлением НДС не очень понятно, т.к принятие к вычету сумм НДС обусловлено выполнением трех основных требований: -тмц приобретены для осуществления операций, облагаемых НДС (пп. 1 п. 2 ст. 171 НК РФ); - приобретенные тмц оприходованы на основании первичных учетных документов (п. 1 ст. 172 НК РФ);- у налогоплательщика имеются надлежащим образом оформленные счета-фактуры, выставленные продавцами тмц (п.п. 1, 2 ст. 169, п. 1 ст. 172 НК РФ). И получается орг. имеет право на вычет по НДС полностью,т.к приобретенное тмц связано с целью приобретения товаров и не содержит условия о том, что применение налогового вычета возможно только после использования приобретенных тмц в своей деятельности и закрытый перечень в данном случае не предусматривают необходимость восстановления НДС при недостачах(п. 3 ст. 170, ст. 171.1 НК РФ). Вывод напрашивается, что НДС не нужно восстанавливать. Но все же не очень уверена в этом выводе.