Уточните, пожалуйста, что это были за с/ф? На исходящий НДС или на входной?
Если на входной (стоит у вас к вычету), то тут только вам решать - вносить самим уточнения по второму с/ф или нет. Если у вас сумма за квартал к возврату, например, то лучше сразу исключить все ошибки, раз уж взялись исправлять. Налоговая обнаружит это расхождение все равно. И опять пришлет требование.
Если неточность по исходящему НДС (по продажам), то вторую ошибку ФНС может не видеть в АСК-НДС просто потому, что ваш второй покупатель еще не поставил в вычет НДС по этой с/ф. Как только он это сделает в дальнейшем - в АСК-НДС ваша декларация "покраснеет" тоже. И все равно вас заставят разобраться с этой ситуацией. Ну и покупателя своего подставите: например, он экспортер и заявил этот НДС к возврату. Если б все сошлось - НДС бы вернули через 2 месяца. А с расхождениями с вами будут мурыжить все 3, а то и дольше (будут ждать, пока вы подтвердите ошибку в с/ф и сдадите уточненку). Или вообще не вернут эту сумму.