Как один из вариантов можете списать материалы сейчас в качестве ошибки прошлых лет, выявленной в текущем. Как будет осуществляться списание зависит от того, существенная ошибка или нет.
Если будете списывать как недостачу при инвентаризации, то там ситуация с НДС достаточно спорная. Были письма Минфина, что НДС вроде как восстанавливать надо, поскольку такие ТМЦ не были использованы в деятельности, облагаемой налогом. Суды же зачастую встают на сторону налогоплательщиков в том, что НДС восстанавливать не надо, поскольку в НК РФ содержится закрытый перечень ситуаций, когда НДС подлежит восстановлению - п.3 ст. 170 НК РФ и ст. 171.1 НК РФ, а списания ТМЦ при инвентаризации либо их выбытия при хищении и т.п. в этом перечне нет.