А мне первое, что пришло на ум - сделать расшифровку статей баланса в 1С и понять: те ли данные программа подтягивает?
9 лет работала на фирме после восстановления учета. В связи с тем, что где-то в счётах отсутствовала аналитика (пусть даже на третьем уровне) - данные в баланс не попадали. Как выход из положения: брала ОСВ и заполняла вручную.
Основной момент: статьи дебиторской и кредиторской задолженности заполняются за минусом НДС, и если на 76.АВ и 76.ВА нет аналитики - баланс не заполнится корректн