Не могу Вам однозначно ответить, не зная: что за отношения у Вас с РЖД.
Если Вы оформили какой то посреднический договор с РЖД - приведите нам условия этого договора.
Мы при отправке людей в командировки напрямую у РЖД Япоеупалт билеты, в случаях возврата билета удерживался сервисный сбор и штраф за возврат. Не Ваш ли это случай с разницей лишь в том, что Вы - промежуточное звено между пассажиром и РЖД