Возможность получить освобождение от НДС (освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС), имеют те организации и предприниматели, у которых за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей (ст. 145 НК РФ). Соответственно, если предприниматель до момента утраты права на ПСН успел проработать три календарных месяца (неважно, исключительно в рамках ПСН или сначала на иной системе налогообложения) и лимит по выручке соблюден, то формально после того как ИП не оплатил патент, он может начать применять данное освобождение
При этом чтобы иметь возможность не платить НДС предпринимателю необходимо подать в налоговую инспекцию соответствующее уведомление (п. 3 ст. 145 НК РФ). Причем, сделать это можно «задним числом», т.е. уже после начала использования права на освобождение. Однако при этом в Кодексе установлен четкий срок — уведомление следует подать не позднее 20 числа месяца, начиная с которого эти лица используют право на освобождение.
Получается, что предприниматель, утративший право на применение ПСН, может использовать освобождение от НДС только в отношении операций за последний месяц и то, если успеет подать уведомление до 20 числа этого месяца. То есть, если вы подадите уведомление в феврале 2020 года, то сможете применять освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой НДС, только с 1 февраля 2020 года (и то при условии, что документы поданы не позднее 20 февраля). На предыдущие месяцы указанное освобождение, согласно правилам ст. 145 НК РФ, не распространяется.
Правда, есть судебная практика по этому поводу с положительными решениями в пользу налогоплательщика. Если захотите настоять на своем, то будьте готовы обратиться в суд.