Кстати, стало интересно самой, но я нашла ответ на вопрос, обратный Вашей ситуации: арендодатель перешёл на УСНО, а арендная плата не изменилась. В консультации было много ссылок на арбитражную практику, но всё сводится к тому, что
Основываясь на принципе свободы договора (п2 ст.1 ст.421 ГК РФ), стороны не лишены права согласовать изменение размера арендной платы в зависимости от применяемого ими режима налогообложения. Однако, если такие условия в договоре отсутствуют, следует исходить из того, что исполнение арендодателем налоговых обязанностей не входит в сферу договорных правоотношений, и изменение общей цены договора, определенной с учетом НДС, возможно только по соглашению сторон.
НДС - налог косвенный, и арендодателю придётся заключать дополнительное соглашение с Вами при «слёте» с упрощенки. Вы имеете полное право оспорить стоимость арендной платы, которая увеличилась только из-за режима налогообложения