Я верно Вас понимаю, что Вы - арендатор, а Ваш арендодатель применяет УСНО?
Если так, то мы уже на форуме обсуждали тему про так называемые «налоговые оговорки» в договорах.
Само собой разумеется, лишнее в бюджет платить никто не хочет. Но заставлять Вас платить НДС за арендодателя- неправомерно, на мой взгляд. Составьте протокол разногласий, ссылаясь на то, что налоговая нагрузка - это дело налогоплательщика, а не его контрагентов. В конце концов, при потере права применения УСН у арендодателя будет право вычета НДС