Документы, которые вы представили при продлении права на освобождение были достоверны, и в налоговой просто не заметили нарушения, или в них, все-таки, были искажения? От ответа на этот вопрос зависит период, за который вам необходимо уплатить НДС.
Если документы достоверны, надо начислять НДС с 01.04.19. Если документы недостоверны - с 01.05.18. Отчетность сдается за весь период потери права на освобождение.
Не нашла никаких разъяснений или судебных актов о повторном применении освобождения от НДС после утраты права на него. Кодекс содержит запрет на повторное освобождение только для плательщиков ЕСХН. Поэтому, полагаю, что можно попробовать подать задним числом новое уведомление об освобождении (не на продление, а именно новое). При этом я бы не захватывала период первого освобождения. Т.е. заявила бы право на освобождение с 01.08.19, расчетный период май-июль 2019. А за период с 01.04.19 по 31.07.19 начислила НДС. Шансы, что этот вариант устроит налоговую, особенно, если при продлении были представлены недостоверные документы, невысоки. Но, на мой взгляд, это единственная возможность не платить НДС с 01.05.18 по настоящее время.