Добрый день.
Нет никакой необходимости устанавливать программу на чей-либо компьютер, можно работать онлайн.
ЭЦП формируется на физическом носителе, обычно это е-токен (такая маленькая штучка типа флешки). Отдавать ее в руки кого попало нет необходимости. Волонтер загружает отчетность в программу спецоператора. Потом в программу заходит руководитель и подписывает эту отчетность ЭЦП.
Кроме того, есть уполномоченные бухгалтерии, которые за умеренную плату могут отправить вашу отчетность, подписав ее своей ЭЦП. В этом случае в налоговую надо будет представить доверенность на уполномочку.
Связь с ФНС через спецоператора будет двусторонней, т.е. налоговая сможет вам отправлять сообщения электронно.
Если вы изъявили желание присоединиться к электронному документообороту, налоговая не вправе вам отказать. Максимум, что может налоговая - заблокировать вашу ЭЦП, в случае подозрений в ее незаконном использовании. Иногда, несмотря на ТКС, налоговики присылают сообщения по почте. Обычно это делается для проверки вашего адреса.
В целом, ничего страшного в ТКС нет. Напротив, это удобно и экономит массу времени.