При ввозе товаров в РФ из Белоруссии, Армении, Казахстана и Киргизии (т.е. стран ЕАЭС) организация должна производить перечисление импортного НДС в свою налоговую инспекцию, а на таможню. Также в ИФНC надо представить декларацию.
При этом налоговой базой для импортного НДС является стоимость приобретенных товаров, увеличенная на сумму акцизов (если приобретены подакцизные товары).
Налоговую базу вы будете определять на дату принятия импортированных товаров на учет. Это закреплено в п. 14 Приложения №18 к Договору о Евразийском экономическом союзе.