Срок 3 дня меня тоже очень удивил, так как обычно не возникает спора о том, когда нужно дать ответ...

Срок 3 дня меня тоже очень удивил, так как обычно не возникает спора о том, когда нужно дать ответ на требование налоговой (за сколько дней), ведь этот срок указывается в требовании налоговой инспекции (смотрим Приказ ФНС от 08.05.2015 № ММВ-7-2/189@).
Так требование о представлении пояснений может направляться налогоплательщикам на основании ст. 25.14, 88, 105.29 НК РФ.
К примеру, требование о представлении пояснений направляется налогоплательщику по итогам камеральной проверки налоговой декларации, если в ее результате были выявлены ошибки или противоречия (п. 3 ст. 88 НК РФ).
Срок предоставления ответа на требование налоговых органов будет зависеть от основания, по которому требование было направлено.
Если налогоплательщику было направлено требование представить уведомление о контролируемых иностранных компаниях, ответить (т. е. представить такое уведомление) нужно в срок, указанный налоговым органом и составляющий не менее 30 рабочих дней с даты получения требования (п. 8 ст. 25.14 НК РФ).
Если требование направлено по итогам камеральной налоговой проверки, ответ на него нужно дать в течение 5 рабочих дней со дня получения требования (п.п.3, 6, 8.8 ст. 88 НК РФ).
Ответ на требование будет состоять во внесении необходимых исправлений (скажем, в подаче уточненной декларации), представлении уведомления о контролируемых иностранных компаниях или собственно в подаче пояснений в произвольной форме. В случае с пояснениями по НДС они должны быть направлены в формализованном виде в электронной форме.
Сроки направления ответа на требование о представлении документов (информации) зависят от основания для истребования документов (информации).
Например, документы, истребуемые при проведении налоговой проверки, в общем случае должны быть представлены в течение 10 рабочих дней со дня получения соответствующего требования (п. 3 ст. 93 НК РФ).