Устанавливая размер суточных нужно помнить, что действующее законодательство устанавливает минимальный размер суточных в командировке по РФ. Суточные в коммерческих организациях не могут быть меньше величины, установленной для учреждений, финансируемых из бюджета (постановление Правительства РФ от 02.10.2002 №729). А размер суточных для работников федеральных учреждений составляет 100 рублей. Вы теоретически можете установить любой размер суточных, пропишете это в ЛНА и дело с концом. Но учтите, что размер суточных должен быть реальным, то есть реально покрывать усредненные дополнительные расходы работника. Например, в нашей организации прописано, что размер суточных зависит от:
1)удаленности от постоянного места жительства работника
2) самой местности, куда направляется работник (мегаполис, обычный город, поселок или село)
3) обеспеченности сотрудников пансионом (это как раз ваш случай.
Я думаю, что если вы также установите подобную дифференциацию, то проблем не будет.