Добрый день.
Не очень понятен ваш вопрос. Требование-накладная оформляется в момент отпуска материалов со склада. Откуда могут появиться замены, если вы в них вписываете то, что фактически выдаете? И как можно вписать в акт на списание то, что фактически не выдавалось?
Использовать свою форму акта на списание или М-29 - решать вам. Унифицированные формы применять не обязательно. Выбор форм первичной документации надо закрепить в учетной политике.
М-29 позволяет сравнить фактический расход с нормами и таким образом контролировать использование материалов на объекте. Но, если вам необходимо вести такой учет, то нормативные показатели можно включить и в акт на списание.