Да, понятно.
Не выставляйте счет-фактуру на аванс. Законодательно у вас нет обязанности это делать. Если выставите на аванс, то потом, при отгрузке, не сможете принять к вычету этот авансовый НДС. У вас получится двойное налогообложение - сумма аванса и сумма отгрузки.