Не пробовали лично в инспекцию обращаться?? Вот 2 темы по декларации 3-НДФЛ недавно на форуме обсуждали:
https://nalog-nalog.ru/forum/3-ndfl/kakaya-ifns-proizvodit-vozvrat-naloga-oktmo/
Особенно на первую тему обратите внимание. Там написано, что в налоговой Москвы необходимо брать служебную записку в отделе камеральных проверок. Только после этого через 2-3 недели деньги уплатят. 
Я б попробовала лично пойти и разобраться. А так то да,в суд