Рискну предположить, что сверху начислять НДС не нужно. П.5 ст.174.2 НК устанавливает уплату НДС по расчетной ставке 16,67%, т.е. предпологается, что налог уже включен в сумму, ставка 20% для этой ситуации вообще не предусмотрена.
Налоговой, в сущности, все равно, перечислили вы НДС поставщику или нет, ее больше бюджет РФ интересует. Если вы этот НДС к вычету не заявляете, то придраться к вам не за что. ФНС, конечно, будет не в восторге от того, что налог в бюджет не попал, но принудить вас это сделать она не может. Все письма Минфина по этому вопросу говорят о том, что российский покупатель не должен платить НДС за иностранного поставщика, вне зависимости от того, встал этот поставщик на учет в ФНС или нет.
Однако есть письмо ФНС от 24.04.2019 №СД-4-3/7937, которое подтверждает позицию Минфина, но вместе с тем фактически разрешает платить НДС за иностранца в порядке, действовавшем до 01.01.2019. "В случае, если при оказании иностранной организацией услуг в электронной форме, местом реализации которых признается территория Российской Федерации, покупатель самостоятельно исчислил, уплатил НДС в бюджет и принял уплаченную сумму НДС к вычету (включил в стоимость (в расходы)), то по указанным операциям у налоговых органов отсутствуют основания требовать повторной уплаты в бюджет НДС иностранной организацией и отражения ею таких операций в налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость, а также перерасчета налоговых обязательств у покупателя (исчисленного налога и вычета по налогу (суммы налога, включенной в стоимость (в расходы))".
Но я сомневаюсь, что выступив налоговым агентом, вы безболезненно сможете принять к вычету уплаченный НДС, поскольку в этом случае у вас не будет документов, предусмотренных п.2.1 ст.171 НК:
"Вычетам подлежат суммы налога, предъявленные налогоплательщику при приобретении услуг, указанных в пункте 1 статьи 174.2 настоящего Кодекса, у иностранной организации, состоящей на учете в налоговых органах в соответствии с пунктом 4.6 статьи 83 настоящего Кодекса, при наличии договора и (или) расчетного документа с выделением суммы налога и указанием идентификационного номера налогоплательщика и кода причины постановки на учет иностранной организации, а также документов на перечисление оплаты, включая сумму налога, иностранной организации".
Ваш поставщик категорически не хочет вставать на учет в ФНС?