Не очень ясно, что значит, они не вычли. У вас УСН доходы? Вы уплачивали торговый сбор ежеквартально, как положено, и отражали его в декларациях? Долг висит именно по УСН или по торговому сбору? Повторюсь, проверьте, верно ли вы сами все делали: по тем ли реквизитам платили торговый сбор, отразили ли его в декларации.
Если у вас все верно, я бы на вашем месте написала (не позвонила, не поговорила, а именно написала) в налоговую письмо с вопросом, откуда долг. Приложила бы декларации, платежки по торговому сбору и по УСН (если таковые есть). Отнести ЛИЧНО все в налоговую, получить на втором экземпляре печать о том, что принято, и ждать ответа.
В работу налоговой я не верю, поэтому ходить и выяснять устно, что не так, не стала бы. Ответственность никто не любит брать на себя. Если и пустят в кабинеты к инспекторам, то загоняют из отдела в отдел. Ну по карйней мере, мой личный опыт именно такой. Опасность в том, что могут заблокировать счет, пока будете ждать ответ.