+1 к Главбуху_Елене.
НК предусматривает два случая, когда нельзя применить вычет при продаже имущества:
1) продажа имущества, которое использовалось в предпринимательской деятельности;
2) продажа ценных бумаг.
Нет никаких оговорок о невозможности уменьшить налогооблагаемый доход при продаже имущества на сумму расходов, произведенных на его приобретение. Если под вашей фразой "стоимость приобретённой квартиры у взаимозависимого лица (сына)" подразумевается стоимость, которую вы заплатили сыну при покупке у него этой квартиры, то ничто не мешает учесть эти расходы при ее продаже.