Да, согласна с olkos2002 - загвоздка будет именно в том, что физический показатель никуда не делся. Была информация ФНС от 19.09.2016 г. о том, что плательщики ЕНВД в связи с отсутствием физпоказателя для расчета вмененного налога вроде как могут представить декларацию с нулевым значением к уплате. Но на мой взгляд, это очень спорный момент, ведь Минфин, например, считает, что нулевых деклараций по ЕНВД быть попросту не может - если физпоказателя нет, то расчет налога должен быть произведен на основании данных предыдущего квартала - см. письмо Минфина от 24.10.2014 № 03-11-09/53916.
Насчет уведомления налоговой службы о приоставновке работы онлайн-кассы я вообще ничего не слышала и не читала...