Добрый день!
Вы можете перечислять заработную плату на карту сотрудникам, можете снять с расчетного счета в кассу и выдавать из кассы. Как вам удобнее. Но помните, что есть вполне определенные сроки и правила для выплаты зарплаты.
Деньги можно снимать под авансовый отчет, а потом подотчетное лицо должно отчитываться за эти деньги, остаток вернуть предприятию. Можно выплатить дивиденды учредителю, но для этого нужно соблюсти обязательные сроки и условия. Вы хотите просто получить эти деньги себе (ген директор-учредитель?). ООО - это не ИП, тут нет возможности свободно распоряжаться деньгами. Это деньги фирмы, а не учредителя.