Большое спасибо за ответы! Perito, почему у арендопооучателя возникает агентский НДС? Разве не...

Екатерина, в данном случае имеется ввиду тот собственник, который приобрёл товары. 

В вашем случае собственник воздушного судна находится за пределами территории РФ, но получает средства от аренды, соответственно и заплатить должен НДС, но физически не может, поэтому эта обязанность возлагается на вас. 

НДС на таможне - это отдельная тема, к взаимоотношениям с налоговой, в принципе, отношения не имеет. Ну разве что в части предъявления таможенного НДС к вычету. У вас его, кстати, может вообще не быть. Необходимость уплаты НДС и пошлин зависит от параметров судна и срока его нахождения на территории РФ.
Агентский НДС возникает при аренде имущества у иностранцев. В соответствии со ст.148 НК, если покупатель находится на территории России, то местом реализации услуг по аренде признается РФ. И если арендодатель не стоит на учете в налоговых органах РФ, то арендатор становится налоговым агентом по НДС на основании ст.161 НК.