Арендованные ТС ввозятся в таможенном режиме временного ввоза. Необходимость уплаты пошлин зависит от срока, в течение которого ТС будет находиться на территории России.
Валютный контроль при расчетах с нерезидентами есть всегда. Никаких особенностей при аренде самолетов нет. Что конкретно вас интересует?
Если нерезидент-арендодатель не осуществляет деятельность через постоянное представительство в РФ, то кроме агентского НДС возникает еще агентский налог на прибыль (или НДФЛ, если арендодатель физлицо). Если между РФ и страной арендодателя заключено соглашение об избежании двойного налогообложения, налог на прибыль уплачивается в соответствии с таким соглашением.