А в можно 1-с розница списать остатки ЕГАИС сразу, так чтобы прошел обмен данными между системами?

Да можно, в частности в «1С:Управление торговлей 8» списать остатки в егаис уже можно. Правда в розничной торговле это происходит только с помощью сканера штрих-кода на бутылке на кассе. Также в базе можно формировать журнала учета объема розничной продажи алкогольной и спиртосодержащей продукции.
Для подключения 1-с к ЕГАИС нужно:
• Приобрести защищенный носитель JaCarta PKI\ГОСТ\SE и усиленную квалифицированную электронную подпись (КЭП), которая будет использоваться для входа в личный кабинет на портале ЕГАИС, а также для подписания электронных документов перед их фиксацией в ЕГАИС
• Получить в личном кабинете на сайте ФС РАР сертификат для установки защищенного соединения с ЕГАИС (RSA-ключ).
• Скачать в личном кабинете на сайте ФС РАР бесплатный Универсальный транспортный модуль (УТМ)
• Настроить учетную систему.
Лучше для этого обратится в службу поддержки компании, реализующей соответствующие программные решения