А в каких случаях на кассе атол необнуляемая сумма прихода может обнулиться, помимо случая, когда...

Обнуление происходит в случае перерегистрации кассового аппарата, например при реорганизации компании. Кроме того, это происходит, когда фискальный накопитель вырабатывает свой ресурс.
ККТ подлежит перерегистрации в следующих случаях (п. 76 Регламента, утвержденного Приказом Минфина России от 29.06.2012 N 94н):
• замена фискальной памяти или накопителя фискальной памяти ККТ и программно-аппаратных средств, обеспечивающих некорректируемую регистрацию и энергонезависимое долговременное хранение информации;
• смена адреса места установки ККТ. К примеру, в случае передачи ККТ из одного обособленного подразделения в другое (письмо ФНС России от 12 октября 2012 г. № ЕД-4-3/17309).;
• изменение наименования организации или Ф.И.О. индивидуального предпринимателя;
• смена центра техобслуживания.
При снятии кассы с регистрации технический специалист центра обслуживания в присутствии представителя ИФНС должен составить акт о снятии показаний контрольных и суммирующих денежных счетчиков (п. 82 Регламента). Отметки о снятии ККТ, заверенные печатью налогового органа (п. 83 и 87 Регламента), проставляются в паспорте и учетном талоне кассы.
Чтобы необнуляемая сумма прихода в онлайн кассе обнулилась проводят так называемое техническое обнуление. То есть, вскрывают кассу, отсоединяют шлейфы фискального накопителя, через какое-то время снова их подсоединяют (либо полностью меняют фискальный накопитель). В результате, не уверен, что правильно выражусь счетчики у него программно сбрасываются. После этого касса начинает считать необнуляюмую сумму с нуля.