База по НДС возникает при перечислении денег иностранцу. Т.е., в вашем случае это два платежа: в первом и втором кварталах.
Агентский НДС по приобретаемым у иностраннной компании услугам должен быть перечислен одновременно с перечислением денег иностранцу. Странно, что банк пропустил ваши платежи нерезиденту без пречисления НДС.
В декларации агентский НДС отражается в разделе 2.