Я пропустила сроки сдачи отчета 6-НДФЛ за год!!!! Причем сдала отчеты по двум разным ОКТМО? Штраф...

А с чего вы взяли, что вы пропустили срок сдачи отчета 6-НДФЛ? В качестве срока сдачи 6-НДФЛ за год установлена особая дата, отличающаяся от тех, которые действительны для отчета за квартал. Если поквартальную отчетность сдают не позже последнего числа месяца, являющегося первым в следующем квартале, то для сдачи 6-НДФЛ за год срок наступает значительно позже — 1 апреля после отчетного года (п. 2 ст. 230 НК РФ). Если вы говорите по поводу отчета за 2017 год, то вы еще не просрочили сроки. 

Или вы говорите про отчет за 2016 год? Если так, то да, вам нужно сдавать отдельный отчет по каждому ОКМО. В письме от 9 ноября 2016 года № БС-4-11/21223 налоговая служба России рассмотрела вопрос об отчислении подоходного налога, заполнении и сдаче расчета по форме 6-НДФЛ предприятием с обособленными подразделениями. В нем сделан вывод, что расчет 6-НДФЛ налоговый агент должен оформлять отдельно по каждому подразделению. Более того: это касается и тех «обособок», которые расположены в одном муниципальном образовании. То есть стоят на налоговом учете в одной инспекции. Соответственно и штраф будет назначаться за каждый несданный отчет.