Насколько я знаю, то налоговая обычно в такой ситуации признает вычет, произведенный в боле поздний период неправомерным. Можете ознакомиться с Постановлением Президиума ВАС РФ от 08.11.2006 №6631/06. По операциям с нулевой ставкой НДС вычеты нужно производить в декларациях того налогового периода, когда возникло право на вычет. Как вариант, вы можете попробовать подать уточненную декларацию за тот налоговый период, когда у вас возникло право на применение вычета.
Но если почитать судебную практику, то вы увидите, что суды иногда принимают сторону налогоплательщика. Главный аргумент – вычет входного НДС надо заявлять в том налоговом периоде, когда имеют место условия, указанные в п.1 ст.172 НК РФ. Тогда нет нужды подавать уточненку декларации. Например, можете почитать постановление Президиума ВАС РФ от 30.06.2009 №692/09. Суд постановил, что налогоплательщик может заявлять вычет по экспортным операциям в декларации более позднего периода без подачи уточненки декларации того периода, в котором имел место отказ от вычета.
Если документы, подтверждающие право на вычет не поданы в налоговую в течение 180 календарных дней, налогоплательщик должен заявить вычет на дату отгрузки в общем порядке (см. абз. 2 п.9 ст.167 НК РФ).
Вот такие противоречия…