Принять к вычету НДС без наличия счета-фактуры нельзя. Об этом напомнил Минфин в письме от 22.01.2019 № 03-07-11/2863.
Добавим, что счет-фактура не требуется для вычета НДС по командировочным расходам — его можно заявить на основании БСО, в котором сумма налога выделена отдельной строкой.
Подробнее об этом — в публикации «Вычет НДС по найму жилья в командировке: условия».
См. также: «Что делать с НДС, если товары куплены в рознице и нет счета-фактуры?».