Подрядчик на УСН, при выставлении счета с НДС Заказчику (не счет фактуру) обязан ли уплатить Подрядчик этот налог и бюджет

Здравствуйте, ООО работает по УСН, заключили муниципальный контракт на 1200 000 руб (НМЦК было 1600 000, снизили больше без НДС-ой цены) , в контракте цена указана с НДС, при подписание контракта отправили протокол разногласий, чтобы изменить формулировку на НДС не облагается (имеем право), но заказчик написал ответ, что не может снести такую формулировку (либо с НДС либо никак). В контракте так есть смета контракта (ссылаются на приказ от 23 декабря 2019 г. N 841/пр) она тоже с НДС. Контракт выполнен, вопросом нет, при оплате нам сказали, что могут перечислить нам только 1000 000 р (без НДС), или 1200 000, но при условии что мы выставим им счёт фактуру. В Контакте нет требования об выставлении счет-фактуры (якобы недораборка проекта), только обычный счёт. Нам ответили, что мы может выставить просто счет (не фактуру), и в нем должно быть указан НДС и выделен строкой и нам его оплатят. Вопрос 1) на сколько правомерны действия заказчика и главное 2) Если мы выставить счет с указанием НДС, но не счет-фактуру, обязаны ли мы как подрядчик уплатить этот НДС в бюджет и последует ли наказание со стороны налоговой в наш адрес. Спасибо тем, кто ответит))