Вечер добрый!
Очень неприятная ситуация у вас получилась. Люди то хоть не пострадали?
Все правильно, в первом квартале, при получении счет-фактуры, вы отразили НДС как входящий в книге покупок и смогли на него уменьшить НДС к уплате. В случае обычного возврата товара (например, как некачественного) вы бы зарегистрировали запись в книге продаж (указывая конкретную счет-фактуру) на необходимую сумму. Затем заполняете декларацию. Эта сумма указывается в строке 090 раздела 3. В бухгалтерском учете эта операция отражается проводкой ДТ 60(76) КТ 68. Или сторнировочными записями по операциям отражения "входного" НДС и принятии его к вычету. Вот только в вашей ситуации во всем этом нет смысла. Так как товар испорчен при пожаре, то в соответствии с письмом федеральной налоговой службы от 21 мая 2015 г. № ГД-4-3/8627@ «О рассмотрении обращения» восстанавливать его не нужно. Цитирую: «суммы НДС, ранее правомерно принятые к вычету, при выбытии имущества в результате пожара восстановлению не подлежат». Так как это письмо, а не закон, то налоговая имеет право не согласиться. Однако суд будет на вашей стороне. Да и сейчас налоговики обязаны обращать свое внимание на арбитражную практику. В случае возникновения вопросов они вышлют вам письмо. Отвечая, необходимо будет не только описать произошедшую ситуацию (по возможности прикрепив к письму документ, подтверждающий факт пожара), но и сделать ссылку на это письмо.