Тоже не пользуюсь этими отчетами. Всегда оплаты по карточкам смотрела, очень удобно. В оборотке все красиво формируется. Есть несколько предположений по вашей ошибке:
1) У вас может на одном контрагенте быть несколько договоров и вы их разные проставляете в счете, реализации и поступлении денег.
2) Разные способы погашения задолженности в документах оплаты. Когда вы делаете «Поступление на р/с» там есть у вас строка «Погашение задолженности» вот надо выбрать там «Автоматически». В реализации смотрите графу «Расчеты». Там тоже есть «Способ зачета аванса». Нужно поставить «Автоматически»
3) Скорее всего документы у вас вводятся не в строгой хронологической последовательности (впрочем, у всех так). Например, банковские выписки могут быть загружены в программу своевременно, а документы от поставщиков вводятся задним числом. В этом случае на момент проведения платежа фиксируется аванс, а после ввода документов оказывается, что было произведено погашение задолженности. Восстановление хронологической последовательности исправляет ситуацию. Попробуйте перепровести документы. В 1с есть групповое перепроведение документов. Скорее всего, из-за этого не встают оплаты.
Если не разберетесь, то позвоните в вашу техподдержку по 1с. Я всегда так делаю
. По Teamviever они подключаются и всегда помогают. В конце концов, не зря же вы им платите