Марина Бух, я теряю право на самозанятость, даже если Договор ГПХ заключён со мной как с физлицом...

1. Неважно, как договор называется. Важна его суть. И если по сути он агентский с название хоть "купли-продажи", то это агентский договор.

2. Если речь о договоре оказания услуг, а не об агентском (по сути, а не по названию), то право на НПД вы не теряете, если, конечно, не нарушены иные условия применения НПД. Даже если у вас в договоре ГПХ не прописано, что вы применяете НПД, то это не лишает вас права применять к доходам по данному договору НПД. 

3. Любой договор заключен с вами как с физлицом. Если в договоре не указано, что вы применяете НПД, то это не отменяет применения вами НПД. Если вы заключили агентский договор, где не указано, что вы применяете НПД, то вы ведете предпринимательскую деятельность, доходы от которой облагаются НДФЛ, и автоматически теряете право на НПД. Если вы заключили агентский договор, в котором указано, что  вы применяете НПД, то вы теряете право на НПД, так как такой договор не может быть вами заключен.