Реализацию отразите обычной проводками:
д62 к90.1 выручка от реализации
д90.3 к68.2 ндс от выручки
д 90.2 кт 20 списание всех понесенных расходов на себестоимость работ (кроме материалов и амортизации оборудования, туда могут входить и другие расходы: заработная плата работников, занятых в производстве, и страховые взносы с этой суммы)
Как правило, все это отражается в КС-3 для подтверждения понесенных Вами расходов